El orden de los aminoácidos en la proteína

 

Por convención, el extremo amino terminal (NH₃⁺) de la cadena polipeptídica denominado simplemente N-terminal, se escribe a la izquierda de la secuencia, por ende, el grupo carboxilo o C-terminal, se escribe a la derecha de la secuencia. Todas las secuencias se leen desde el N-terminal hasta el C-terminal. Esta convención se debe a que en el ribosoma, que es la enzima que hace los enlaces peptídicos en la naturaleza, la cadena crece agregando un nuevo aminoácido al carboxilo terminal, por lo tanto el extremo que emerge primero del ribosoma, es el N-terminal. En la siguiente figura el dipéptido se lee valina, alanina y no al revés

Tomando en cuenta lo anterior, debe quedar claro una proteína o péptido tendrá diferentes características dependiendo de la cantidad y cualidad de los grupos ionizables presentes en la molécula. De manera que la proteína o péptido tendrá, al igual que los aminoácidos libres, curvas de titulación y pH isoeléctrico (pI) específicos, en los cuales el pH no sufre variaciones en un campo eléctrico.

 

Nombrando a los polipéptidos

 

La unión de muchos aminoácidos a través de enlaces peptídicos se denomina poliéptido, que es una cadena sin ramificaciones de residuos de aminoácidos; así se denominan una vez que están unidos unos con otros. Al nombrar al polipéptido, los residuos que derivan de los aminoácidos terminados en -ina, como la glicina, los terminados en –ano, como triptofano y los terminados en ico, como aspártico, cambian estos sufijos por –il, con la excepción del carboxilo terminal. Así por ejemplo la valina y la alanina pueden formar al dipéptido valilalanina, a través de un enlace peptídico (ver figura), o el tripéptido compuesto por una valina en posición N-terminal, una glicina y en el C-terminal una leucina, se denomina valilglicilleucina.